Operativo già da novembre 2000, il sistema di commercio elettronico di Apogeo è stato costruito interamente su piattaforma open source, in perfetta sintonia con la politica di sviluppo che Apogeo ha da sempre sostenuto. In questo grande supermercato elettronico si possono acquistare tutti i libri del catalogo Apogeo, gli e-book ovvero i libri in formato elettronico, e persino le e-shirt: le magliette per i protagonisti del mondo tecnologico.
I prodotti possono essere acquistati sia pagando con carta di credito sia, per chi preferisce la tradizione, in contrassegno. Anche le forme di spedizione sono diverse: via corriere espresso o via posta ordinaria.
Per chi ancora nutrisse qualche dubbio sul fornire il proprio numero di carta di credito, Apogeo garantisce la massima sicurezza grazie al fatto che tutta la transazione viene gestita da Banca Sella: questi dati preziosi non passano nemmeno dai server di Apogeo ma vengono trasmessi dal cliente direttamente alla banca. È come fornire la propria carta di credito alla cassa di un supermercato: il terminale si collega direttamente alla banca e il supermercato non memorizza il codice della carta.
È disponibile inoltre una breve guida al commercio elettronico su Apogeonline: una pagina in cui è possibile seguire passo per passo l’acquisto di un libro, dalla ricerca del titolo alle diverse forme di pagamento. Si tratta di una facile guida al commercio elettronico così come si svolge sulla maggior parte dei siti Internet attuali.