Arriva in Apogeo nel gennaio del 1998 in qualità di direttore editoriale. Viene chiamato perché la casa editrice ha bisogno di qualcuno che lavori per orientarla verso un settore diverso dall'informatica: Virginio accetta la sfida e oggi, a quasi dieci anni di distanza, si può ben dire che ce l'ha fatta.
Il primo anno da direttore editoriale lo dedica a rafforzare il catalogo informatico; è l'anno in cui esce Window 98 e lavorando forsennatamente Apogeo riesce a uscire in libreria il giorno del rilascio del software.
Rafforzata l'informatica, inizia a pensare a come orientare il catalogo verso altri settori. Come prima cosa potenzia la collana Cultura digitale che possiamo considerare la preistoria dell'attuale ApogeoSaggi. Escono La vita sullo schermo e Il computer invisibile. Poi, dato il successo dei For Dummies informatici, prova a far uscire dei For Dummies di varia.
Nel 2003 è la volta di Urra, marchio da sempre presente con qualche titolo nel catalogo di Apogeo. Virginio, suo malgrado (ci dice che ha cercato in tutti i modi di trovare qualcuno che seguisse la collana), inizia a occuparsene in prima persona. E ancora una volta è un successo, i titoli di Urra aumentano di anno in anno e oggi Apogeo può contare su un catalogo molto ricco.
Ma l'iniziativa a cui è più legato è Pratiche Filosofiche, nata con lui nel 2004 da un'idea di Umberto Galimberti. Inizialmente la proposta era di fare una collana dedicata alla consulenza filosofica, ma Virginio ha voluto ampliare il tema "basandosi sul principio che la filosofia nella vita serve, idea peraltro a me molto cara". E ancora una volta ha visto giusto: oggi quasi quotidianamente arrivano proposte per Pratiche Filosofiche, una collana unica nel suo panorama. Come dice Virginio: "parlano di noi, nel bene o nel male, ma comunque parlano di noi, siamo diventati un punto di riferimento in quel settore".
In redazione dicono di lui che sia un'enciclopedia vivente, raramente lo si incontra senza un libro sotto braccio.